สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ประจวบคีรีขันธ์ ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2526 โดยเช่าอาคารของเอกชนเลขที่ 20/258 ถนนพิทักษ์ชาติ อำเภอเมือง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ในปีงบประมาณ 2527 ได้รับจัดสรรงบประมาณจากกรมตรวจบัญชีสหกรณ์เป็นค่าก่อสร้างอาคารสำนักงานจำนวน 1 หลัง เป็นเงิน 400,700.00 บาท และได้ดำเนินการก่อสร้างบนที่ราชพัสดุแปลงหมายเลข ปข.320(45179)ตำบลเกาะหลัก อำเภอเมือง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ สร้างแล้วเสร็จ เมื่อวันที่ 22 มกราคม 2528 จึงย้ายสำนักงานจากอาคารเช่ามาอยู่สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ประจวบคีรีขันธ์ เลขที่ 275 ถนนปิ่นอนุสรณ์ อำเภอเมือง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ 77000 และต่อมาได้รับจัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารหลังใหม่บนที่ดินแปลงเดิม โดยสร้างอยู่ด้านหน้าอาคารหลังเดิม งบประมาณที่ใช้ในการก่อสร้าง เป็นเงิน 3,075,000.00 บาท แล้วเสร็จเมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม 2551 ปัจจุบันจึงมีอาคารสำนักงานฯ 2 หลัง